داستان سریال در مورد یک مامور زن FBI است که مجبور شده با یک دانشمند و پسرش همکاری کند، تا در مورد جنایت های پیچیده ای که ظاهرا مسائل ماورای طبیعی در پشت آن‌هاست تحقیق کنند...

وقتی دانه‌های عجیب و غریب از فضا به زمین می‌روند، غلاف‌های مرموز شروع به رشد کرده و به سانفرانسیسکو حمله می‌کنند و ساکنان شهر را در یک زمان تکرار می‌کنند.

یک زبان شناس جوان به نام میلو تاچ به گروهی از کاوشگران می پیوندد تا قاره گمشده آتلانتیس را پیدا کنند.

خدمه سفینه فضایی پس از بازگشت به خانه شاهد انفجاری عظیم می شوند که همه چیز را در هم می ریزد . کاپیتان کرک مامور می شود که عامل این خرابی را که گویا یکی از خودی ها است ،

کاپیتان "کرک" و خدمه اش باید با برادر "اسپوک" مبارزه کنند.او کشتی فضایی آنها را می رباید تا به جستجوی خدا برود...

قرن بیست و سوم.خبرهای رسیده از مقر فرماندهی استارفلیت در سن فرانسیسکو، حاکی از هجوم نیروهای عظیم ابری شکلی به سوی زمین است. «فرمانده کرک» (شاتنر) فرماندهی سفینه ی قدیمی اینتر پرایز را برای مقابله با این هجوم به عهده می گیرد...

داستان فیلم در سال ۲۲۳۳ اتفاق می افتد، دو پسر جوان مشتاق با نامهای جیمز و اسپاک با گروهی از اعضای سفینه فضایی برای نجات دنیا از شر نیروهای شیطانی فضایی اقدام به سفر به نقاط ناشناخته فضا می کنند و جیمیز در این سفر با اتفاقات و زندگی های عجیبی روبرو می شود...

«فرمانده کرک» به کمک خدمه سفینه اینترپرایز باید جلوی یک کینه جوی بنام «خان نونین سینگ» که قصد استفاده از ماشین جنسیس را دارد، را بگیرد...

«فرمانده کرک» و خدمه اش برای نجات زمین از حمله بیگانگان، در زمان سفر کرده و به قرن بیستم می روند تا تنها موجوداتی که می توانند زمین را نجات دهند اما اکنون منقرض شده اند (گونه ای از وال ها) را با خود به زمان حال بیاورند...

تاریخ ستاره ای 92106. پس از سال ها جنگ سرد، «صدراعظم گورکن» (وارنر) به «فدراسیون» پیشنهاد صلح می دهد. اما او به قتل می رسد و «فرمانده کرک» (شاتنر) و «مکوی» (کلی) به خاطر این جنایت محاکمه و محکوم می شوند. حالا «آقای اسپاک» (نیموی) فرماندهی اینترپرایز را به عهده می گیرد و به دنبال مدارکی می گردد تا دست قاتلان واقعی را رو کند.

«فرمانده کرک» و خدمه اش با بخطر انداختن جان شان، سفینه اینترپرایز را دزدیده و با آن به سیاره جنسیس باز می گردند تا بدن «اسپوک» را بدست آورند...

داستان فردی به نام «لئونارد نیموی» که به عنوان شخصیت «آقای اسپاک» در سری فیلم های "پیشتازان فضا" نقش آفرینی کرده است.